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 Exiqon公司microRNA芯片

    丹麦Exiqon公司在microRNA表达分析领域具有国际领先地位,于2005年获得了Ernst&Youngs生物类大奖。Exiqon公司提供miRCURY™系列产品,专门用于研究microRNA的表达,分布和功能。Exiqon的microRNA芯片使用基于LNA™专利技术的捕获探针,与普通DNA捕获探针相比,高亲和力的LNA捕获探针能够克服普通DNA探针Tm值不一致,芯片对不同microRNA杂交亲和力不同的缺点,使Exiqon的microRNA芯片表现出比同类产品更为优异的品质。Exiqon最新的7th Gen microRNA芯片,microRNA信息大幅增加:覆盖miRBase数据库人,小鼠,大鼠三物种全部microRNA;并且覆盖与上述三物种相关的所有病毒的microRNA; miRPlusTM捕获探针更新,去除已收入miRBase 数据库的探针, 7th gen microRNA芯片提供66个Exiqon特有的miRPlusTM捕获探针,提供miRBase 数据库之外的microRNA预测信息 ;芯片内超过3100个miRNA捕获探针;23阳性对照探针,7个阴性对照探针。Exqion 的microRNA芯片还将随miRBase数据库不断更新,更新进展请关注Exiqon网站。

康成生物为您提供Exiqon公司microRNA芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报

Exiqon miRCURY™ LNA microRNA芯片特点
•  高灵敏度,可以检测普通DNA作为捕获探针的芯片不能检出的微量microRNA
•  高特异性,能区分单碱基差异的microRNA
•  Tm值均一化(72℃),所有microRNA杂交温度一致,保证对所有靶点具有相同的亲和活性
•  杂交温度高(60℃),有效避免非特异性杂交信号
•  统一标记方法,无序列偏好,标记效率高,无需富集 microRNA
•  节省样品用量,标记最低仅需要1~ug2总RNA
•  实验结果准确,一步法标记探针,无需纯化,减少信号失真

基于LNA专利技术的捕获探针- 优于普通DNA捕获探针

1LNALocked Nucleic Acid,锁核酸)的结构(图A)和性质(图B
  

在设计针对成熟microRNAs的捕获探针时,挑战之一是探针和靶microRNAs序列间的Tm范围变化从45℃-74℃,并且亲和活性不同。若使用DNA捕获探针,则样品中microRNAs的杂交条件无法实现均一化和标准化。LNA是一类寡核苷酸衍生物(图A),在寡核苷酸链中掺入LNA而制备的LNA捕获探针,特别适合短序列的microRNA的高通量研究(图B):
•  升高熔解温度(Tm),并且可以自由设计Tm值,从而实现Tm值均一化(72℃)
•  提高双链结合物的热稳定性,且具有高效双链亲和率,从而实现探针高灵敏度
•  与核酸杂交具有严格序列特异性,能有效区分碱基错配,从而实现探针高特异性

灵敏度高- 可以检测普通DNA捕获探针不能检出的微量microRNAs;新一代microRNA芯片检出极限可达1 amol,起始总RNA量可低至30ng

 

图2:miRCURY™ LNA芯片的灵敏度高,仅用微量总RNA即可获得可靠实验结果
图2A将705种合成的microRNA,分别以8种不同的浓度,掺入0.75ug作为背景的tRNA中,标记并与芯片杂交。检测结果表明,超过90%的捕获探针可以检测灵敏度达到10 amol;更进一步,超过50%的捕获探针检测灵敏度可达1 amol。
图2B和2C 比较肿瘤与正常组织microRNA的表达差异。样品的起始总RNA量分别为30ng,100ng,300ng和1000ng,但得到的microRNA表达情况仍然保持高度一致。
图2B 实验结果的分层聚类图。计算肿瘤(T)与正常组织(N)的microRNA表达量差异(T/N),并进行聚类分析。
图2C 实验结果相关性分析。分别比较1000ng总RNA与30ng, 300ng,100ng总RNA的实验结果并作图,求相关系数(R2)。当总RNA样品分别为1000ng和30ng时,相关性仍然可以达到91%。

高特异性- Tm标准化的探针与优化的杂交条件相结合,可区分单碱基差异的microRNAs

 

3:miRCURY™ LNA芯片的高特异性
合成miR-181家族的多条microRNA,掺入到tRNA(0.75μg)中。芯片检测得到的miR-181家族不同成员的相对信号强度如图所示。尽管miR-181家族各成员序列极为近似:与miR-181a相比,miR-181c只有一个碱基缺失;miR-181b和miR-181d相比,则同时有一个碱基的错配和2个末端碱基的缺失。但是由于采用了LNA™捕获探针,芯片与microRNA结合具有高度特异性,miR-181家族各成员得到明显区分,几乎没有交叉杂交反应。

线性范围广- 线性范围超过103次方,同时准确的检测样品中表达量高和表达量低的microRNAs

   

图4:miRCURY™ LNA芯片的线性检测范围
选择4个合成的microRNA,其相应的检测探针灵敏度均达到1amol。将合成的microRNA,掺入0.75ug作为背景的tRNA中,标记,与芯片杂交,以确定芯片的检测线性范围。根据检测信号值,芯片的线性检测范围超过10的3次方。

充分优化的标记方法——-步法标记,节省样品用量,均一化的标记每个探针,结果准确

 

图5:从样品处理到获得杂交信号只需24小时
Exiqon的miRCURY™ LNA芯片标记试剂盒,与miRCURY™ LNA芯片配套使用,直接标记总RNA样品,无需microRNA富集和纯化;节省样品用量,只需要1-2ug总RNA即可进行实验;不同的microRNAs均同等程度被标记,即标记均一化;每个microRNA一个标记,几乎没有序列偏好;新一代标记试剂盒增加去磷酸化步骤,有效避免因自环化和叠加而造成的microRNA损失,进一步提高标记效率。

重复性好- 稳定的microRNA检测平台,设置芯片内4次重复;芯片间重复性达到99%

 

图6:miRCURYTM LNA芯片重复实验
miRCURYTM LNA芯片设计了芯片内4次重复。芯片点样质量高,密度均一,配合优化后的新一代标记试剂盒和杂交试剂盒,获得一流的重复性。以肺总RNA为样本进行20张芯片的重复实验。芯片间两两比较,得到相关系数的平均值为0.988。图6以其中两张芯片为例,计算得到的相关系数达到0.9977。


microRNA
产品信息
Exiqon公司microRNA芯片
Exiqon公司microRNA LNA Knockdown探针
Exiqon公司microRNA原位杂交检测探针及优化试剂盒
Exiqon公司microRNA PCR芯片
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:cDNA Synthesis Kit
Arraystar公司miRStar™人肿瘤相关microRNA PCR芯片
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:SYBR® Green Master Mix
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:microRNA特异性PCR引物
Arraystar miRStarTM Cancer Focus miRNA PCR研究配套试剂
Exiqon miRNA研究配套试剂
miRStar™ Pre-designed miRNA-specific Primers
技术服务
microRNA芯片技术服务
microRNA测序服务
microRNA实时定量PCR技术服务
microRNA PCR芯片技术服务
miRStar™ Cancer Focus microRNA PCR芯片技术服务
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