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 Arraystar公司环状RNA芯片V2.0
circRNA介绍
      区别于传统线性RNA分子,环状RNA(circRNA)是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构的非编码RNA,也是目前生命科学和医学领域的最新热点分子。绝大部分circRNA由基因的外显子或内含子序列转录而来,它的表达具有明显的物种保守性、组织特异性以及时序特异性等;此外,circRNA的特殊闭合环状结构对核酸外切酶不敏感,从而可以稳定存在于组织、体液等样本中,这使得circRNA作为临床biomarker具有明显优势。最新研究表明:circRNA序列上富含miRNA结合位点,可以竞争性吸附细胞浆中的miRNA,进而解除miRNA对靶mRNA的抑制作用,即circRNA可作为ceRNA调控生物学过程。与疾病关联性miRNA的相互作用说明circRNA对疾病起着非常重要的调控作用。
      为了能够帮助科研工作者对circRNA进行更好地研究,美国Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0,这款产品目前已经开始在市场进行推广。芯片上所有的circRNA来源于最新国际顶尖期刊并经过了严谨的实验验证,以便于研究者对不同生理和病理状态下对circRNA的表达变化进行系统的研究。此外,还对circRNA可能结合的miRNA进行预测并详细注释,非常方便客户从“miRNA sponge” 的角度研究circRNA的作用机制和生物功能。Arraystar通过预测疾病相关miRNA结合的circRNA或疾病相关的SNPs位点产生的circRNA,将疾病相关的circRNA收录在该款芯片中。芯片针对每个circRNA设计剪接位点特异性探针,即便在相应线性RNA存在的情况下也能够特异性检测circRNA。样品的RNase R预处理和随机引物反转系统确保了circRNA的高效特异性标记。此外,RNA spike-in对照的设置能可以很好地监控样品标记和芯片杂交效率。
 
聚焦品牌优势
1.优化的特异性标记流程
能够有效的去除线性RNA,特异性标记circRNA (图1 )

图1:circRNA标记流程:1)RNase R预处理有效地去除线性RNA;2)基于随机引物的反转标记系统有效的标记circRNA。
2.剪接位点特异性探针
即便在相应线性RNA存在的情况下也能够特异性检测circRNA(图2)

图2:Arraystar circRNA 芯片V2.0采用剪接位点特异性探针,可以做到即便在相应线性RNA存在的情况下也能够特异性检测circRNA。如上图,用于circRNA探针设计的序列对应到相应线性RNA上,就是针对外显子A的5’端和外显子B的3’端连接的序列。
 
3.详尽的circRNA注释信息
Arraystar miRNA靶基因预测软件对circRNA上的保守miRNA的结合位点进行了预测,并对其中匹配分值较高的位点进行了注释。客户可以很方便的从“miRNA sponge”的角度研究circRNA的作用机制和生物功能(图3)。

图3:详细的circRNA注释:1)与circRNA对应的线性mRNA信息;2)circRNA上匹配度比较好的保守miRNA的结合位点。

4.Spike-in RNA对照
在RNA样品中加入一组由ERCC (External RNA Controls Consortium)开发的外源性RNA,可以对RNA扩增,标记和芯片杂交过程中产生的实验偏差进行校正。更为准确地判定检测方法的局限性,同时增加样本间结果比较的可靠性。
 
5.性能保证
高灵敏度:能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA(图4)。

图4: Arraystar的circRNA 芯片跨越超过5个数量级的检测范围

高重复性:Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性(R2>0.9)(图5)。

图5:Arraystar circRNA 芯片的高重复性
 
环状RNA芯片V2.0参数

Human

Mouse

Rat

Total Number of unique circRNAs

13,617

14,236

14,145

Probe Length

60nt

60nt

60nt

Probe Region

Circular junctions of circRNA

Probe Specificity

Transcript-specific

circRNA Enrichment

RNase R treatment

Labeling Method

Labeling by random primers

Circular RNA Sources

Salzman’s circRNAs [4]

8,529

 

 

Memczak’s circRNAs [3]

1,601

1,750

 

Zhang’s circRNAs [6]

93

 

 

Zhang’s circRNAs [5]

4,980

 

 

Jeck’s circRNAs [2]

3,769

 

 

Guo’s circRNAs [1]

5,536

570

 

You's circRNAs

13,300

12,298

Mouse circRNA orthologs

 

 

1,668

Human circRNA orthologs

 

 

179

Array Format

8 * 15K

8 * 15K

8 * 15K

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 



参考文献
1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, , and associated with ALU repeats." RNA 19, (2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of an, im, , al R, NAs, with regulatory potency." Nature 495, (7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PLoS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X. O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.


circRNA
产品信息
Arraystar公司环状RNA芯片V2.0
技术服务
circRNA实时定量PCR技术服务
环状RNA芯片技术服务
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