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 NuRNA™ Small RNA Biogenesis Proteins PCR Array

      Small RNA是指长度小于200bp,不具蛋白编码能力的一类RNA分子。small RNAs不仅在细胞中具有较高的表达量,也广泛存在于各类体液中。根据长度、结构形态、功能形式以及合成途径的不同,科研人员将small RNAs分成了七种类型:microRNA (miRNA)、PIWI-interacting RNA (piRNA)、small interfering RNA (siRNA)、small nucleolar RNA (snoRNA)、small nuclear RNA (snRNA)、transfer RNA (tRNA)、tRNA-derived fragment (tRF&tiRNA)(图1)。这些small RNA分子在转录水平或转录后水平,参与调控基因表达[1-3]。
      small RNA的合成途径极其复杂,具体过程有待进一步的挖掘。在许多疾病中,科研人员都检测到了不同small RNA的合成紊乱。例如,DROSHA与DICER1是miRNA合成过程中非常关键的两个蛋白,其表达水平会随着肿瘤的发生发展而变化,并可作为神经母细胞瘤预后诊断的潜在标记物[4]。近些年来,small RNA吸引了越来越多的关注,small RNA合成途径的研究也受到了更多的重视。
      对于特定通路或聚焦领域中的基因而言,PCR芯片是其表达研究最可靠便捷的手段。为了帮助研究人员方便快捷地分析small RNA合成相关蛋白的表达水平,Arraystar开发了市场上第一款small RNA合成蛋白检测PCR芯片。该芯片能够同时分析185个mRNA,它们都是在各类small RNAs合成过程中发挥关键作用的蛋白分子的表达水平,是small RNAs研究的一件利器。

图 1. Small RNAs的分类与功能

产品信息:

芯片
 规格
描述
NuRNA™ Human Small RNAs Biogenesis-Related Protein PCR Array
384-well(2*192)/ plate
miRNAs(57个)+piRNAs(17个)+siRNAs(24个)+snoRNAs(24个)+snRNAs(41个)+tRNAs/tRFs(47个)

片特点:
覆盖度广—收集了GO通路中所有与small RNA合成相关的蛋白分子
严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
快速简易—即用型384孔板规格,只需将cDNA与qPCR Master Mix混合试剂加入PCR板中,4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。

聚焦small RNAs合成相关蛋白:
      Arraystar一直关注科学研究动态,设计开发市场需求的产品。Arraystar small RNA合成相关蛋白PCR芯片不仅聚焦tRNA、snoRNA等经典的分子,同时也包含miRNA、tRF&tiRNA等热门分子。此款产品能够帮助研究人员快速分析GO通路中mall RNAs合成相关蛋白的表达(表 1)。为了保证数据质量,芯片包含了一系列参照,用于监控DNA污染,反转录与qPCR的效率,亦或用于后续的数据标准化分析。

表 1. 人类small RNAs合成相关蛋白(185个蛋白)

miRNA biogenesis (57):
ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; BCDIN3D; CNOT1; CNOT10; CNOT11; CNOT2; CNOT3; CNOT4; CNOT6; CNOT6L; CNOT7; CNOT8; DGCR8; DICER1; DIS3L2; DROSHA; EIF6; ESR1; ETS1; FOSL1; HNRNPA2B1; HRAS; KHSRP; LIN28B; METTL14; METTL3; MOV10; MRPL44; NCOR1; NCOR2; NFKB1; PNPT1; PPP3CA; PRKRA; PTBP1; RAN; RBM4; RELA; RPL7A; RQCD1; SMAD1; SMAD2; SMAD3; SNIP1; SRRT; SUPV3L1; TARBP2; TNRC6A; TNRC6B; TNRC6C; XPO5; ZC3H12A; ZCCHC11
piRNA biogenesis (17):
ASZ1; DDX4; EXD1; FKBP6; HENMT1; MAEL; MOV10L1; PIWIL1; PIWIL2; PIWIL4; PLD6; TDRD1; TDRD12; TDRD6; TDRD7; TDRD9; TDRKH
siRNA biogenesis (24):
ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; CELF1; CLP1; DICER1; DROSHA; MBD2; MBD3; MECP2; MRPL44; NRDE2; PRKRA; TARBP2; TERT; TLR7; TLR9; TSEN15; TSEN2; TSEN34; TSEN54; XPO5
snoRNA biogenesis (24):
AQR; DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; FBL; FBLL1; GAR1; NAF1; NOP10; NOP56; NOP58; NUDT16; PIH1D1; PRPF31; RNF113A; RNF113B; RPAP3; RUVBL1; RUVBL2; SNU13; ZNHIT6
snRNA biogenesis (41):
CPSF3L; DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; EXOSC7; EXOSC8; EXOSC9; INTS1; INTS10; INTS12; INTS2; INTS3; INTS4; INTS5; INTS6; INTS7; INTS8; INTS9; KPNB1; MEPCE; NCBP1; NCBP2; NHP2; NOP10; PHAX; RPAP2; SMN1; SNAPC1; SNAPC2; SNAPC3; SNAPC4; SNAPC5; SNUPN; TGS1; TUT1; USB1; XPO1; ZPR1
tRNA & tRF biogenesis (47):
AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; ANG; DGCR8; DICER1; EIF2AK4; ELAC1; ELAC2; HSD17B10; KIAA0391; NUP107; NUP153; NUP155; NUP160; NUP188; NUP210; NUP214; NUP35; NUP37; NUP43; NUP54; NUP62; NUP93; NUP98; NUPL2; PIWIL4; POM121C; POP1; POP4; POP5; POP7; PTCD1; RAE1; RANBP2; RPP14; RPP21; RPP25; RPP30; RPP38; RPP40; TPR; TRMT10C; TRNT1; XPOT; Ybx1

操作手册:

 Manual_Human Small RNAs Biogenesis Related Protein PCR Array

 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit

实验流程:

适用实时荧光定量PCR仪:
ABI ViiA™ 7, ABI 7500 & ABI 7500 FAST, ABI 7900HT, ABI QuantStudio™ 6 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System, Bio-Rad CFX384, Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems, Eppendorf Realplex, QIAGEN Rotor Gene Q 100, Roche Light Cycler 480, Stratagene Mx3000, Roche Light Cycler 480

参考文献
[1] Kim VN. Small RNAs: classification, biogenesis, and function. Mol cells 19, 1-15. (2005),
[2] Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 12, 861-74. (2011), PMID:22094949.
[3] Matera AG, et al. Non-coding RNAs: lessons from the small nuclear and small nucleolar RNAs. Nat Rev Mol Cell Biol 8, 209-20. (2007), PMID:17318225.
[4] Lin RJ, et al. microRNA signature and expression of Dicer and Drosha can predict prognosis and delineate risk groups in neuroblastoma. Cancer Res 70, 7841-50. (2010), PMID:20805302.

 


mRNA
产品信息
全基因组表达谱基因芯片
SABiosciences第二代功能分类基因芯片简介
细胞凋亡与细胞周期PCR芯片
肿瘤PCR芯片
毒理和药理PCR芯片
细胞和发育生物学研究PCR芯片
常见疾病研究PCR芯片
细胞因子与炎症反应PCR芯片
细胞外基质与黏连分子PCR芯片
神经科学PCR芯片
信号转导PCR芯片
其他PCR芯片
Arraystar RNA-Seq样品预处理试剂盒
NuRNA™ Small RNA Biogenesis Proteins PCR Array
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR Array
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR Array
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR Array
技术服务
全基因组表达谱基因芯片技术服务
生物信息学技术服务
功能分类PCR芯片技术服务
mRNA实时定量PCR技术服务
RNA测序技术服务
mRNA甲基化测序(MeRIP-seq)技术服务
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human Small RNA Biogenesis Proteins PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human tRNA Modification Enzymes PCR芯片技术服务
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