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 DNA甲基化芯片
     DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入,各种各样甲基化检测方法应运而生。其中,MeDIP-chip(MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation)是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术,运用该技术,可以检测全基因组范围内的甲基化位点;研究启动子甲基化对基因的调控;比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子靶点。
 

康成生物为您提供甲基化芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作包括超声打断基因组、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP与Input DNA片段线性扩增、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析,并为您提供完整的实验报告


Arraystar 4x180K 启动子芯片
     Arraystar 启动子芯片是专门为研究启动子区域的甲基化,羟甲基化,组蛋白修饰以及转录因子结合而设计的产品,覆盖所有RefSeq数据库基因的启动子区(Arraystar RefSeq Promoter Array)或是所有非编码RNA的启动子区(Arraystar ncRNA Promoter Array),能够满足不同客户的需求。启动子的覆盖范围近2kb,并覆盖了几乎所有启动子区附近的CpG岛,是一款高品质高性价比的甲基化芯片产品。

Arraystar RefSeq 启动子芯片产品列表

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human RefSeq Promoter Array NEW!
Human
4*180K
23,148 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array NEW!
Mouse
4*180K
22,327 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Rat RefSeq Promoter Array NEW!
Rat
4*180K
15,987RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
 
Arraystar  ncRNA 启动子芯片产品列表

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human ncRNA Promoter Array NEW!
Human
4*180K
27,248 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 622 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)
Arraystar Mouse ncRNA Promoter Array NEW!
Mouse
4*180K
18,552 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 346 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)


Arraystar 癌症相关甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
    Arraystar 4 x 180K Block芯片是专门为研究癌症相关的block区域而设计的产品,覆盖位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个长链非编码RNA、463个miRNA genes。通过这款芯片可以检测block区域中的基因和LncRNA的甲基化变化,组蛋白修饰以及转录因子结合情况。此外,结合Arraystar Block表达谱芯片,还可以了解甲基化变化与基因表达水平间的联系。

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human Block ArrayNEW!
Human
4*180K
27MB。位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个lncRNA、463个miRNA genes
 
 
 
 
   
   
最新研究表明:癌症中存在着一些低甲基化的区间(block),这些区间的长度在5kb到10M之间,长度中位值为28kb。1/3的基因转录起点都位于这些block中。此外,这些低甲基化的block与包括LADs*和LOCKs*在内的异染色质区域存在着很大重叠,表明癌症中的甲基化变化与染色质结构改变之间存在着很大的关联性。此外,低甲基化block中包含了绝大部分在肿瘤中表达变异较大的基因。而且,这些区域不仅整体甲基化水平下降,而且相对于正常样品,它们在不同肿瘤样品中甲基化水平变化更加剧烈。这表明:基因在癌症中的平均表达水平和平均甲基化程度固然很重要,它们在不同样品中的均一性也不容忽视,甚至是更加重要。
 
*:LADs:与核纤层蛋白结合的DNA区域。
LOCKs(large organized chromatin lysine modifications):富含异翻译后修饰(例如:组蛋白H3K9二甲基化修饰)的异染色质区域。

 
图1. 26个位于低甲基化block区域内的高变异基因的标准表达值(log转化后)。这些基因在肿瘤样品(红色点)中展现出剧烈的表达变异,而在正常样品(蓝色点)中表达变异很小。
 
Arraystar 4 x 180K DMR芯片
    Arraystar 4 x 180K DMR芯片是专门为研究癌症相关的差异甲基化区域而设计的产品,覆盖12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸。通过这款芯片不但可以检测癌症相关的甲基化变化,还可以了解引起这种甲基化变化的CpG岛边界漂移模式,从而更加全面直观的解析癌症甲基化组。

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human DMR Array NEW!
Human
4*180K
51MB 。12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸
    癌症中,除了低甲基化的长区间(block),还存在着许多长度小于5kb的差异甲基化区域(DMRs),被称为small DMRs。大部分癌症或组织特异性的差异甲基化区域(small DMRs)都位于CpG岛边缘2kb以内;相对于CpG岛,这一CpG密度较低区域称之为CpG岛岸(CpG shore)。癌症中,CpG岛边界发生漂移,从而导致CpG岛岸的甲基化水平发生变化:当CpG岛边界向CpG岛内部移动时,CpG岛岸发生超甲基化;当CpG岛边界向外移动时,CpG岛岸发生低甲基化。CpG岛边界的变化导致了基因表达的改变(图1)。
 
 
图1. DMR区域丧失甲基化稳定性的模式。图中横轴代表基因组特定区域,纵轴代表相应位点的甲基化程度,蓝色的线代表正常样品,红线代表癌症样品,DMRs区域用粉红色的背景标记。癌症相关的甲基化变化可以分为四类主要的模式:(a)甲基化边界外移;(b)甲基化边界内移;(c)甲基化边界消失;(d)通过去甲基化形成的新的DMR区域。
 
甲基化芯片技术示意图
 
 
 
A.将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段;
B.加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份;
C.其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体。
D.使用免疫磁珠法分离C步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱;
E.纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP);视需要可对MeDIP与Input样品进行扩增;
F. 对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记;
G.标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与DNA微阵列芯片杂交;
H.用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告。

Genome/Epigenome
产品信息
DNA甲基化芯片
ChIP-chip
Seq-Star™ DNAClean Beads
Seq-Star™ DNA Size Selection Kit
Seq-Star™ RNAClean and smallEnrich Beads
Seq-Star™ poly(A) mRNA Isolation Kit
Seq-Star™ rRNA Removal Kit
Seq-Star™ Rapid DNA-seq Kit
Seq-Star™ Rapid RNA-seq Kit
Seq-Star™ Small RNA-seq Kit
技术服务
染色质免疫共沉淀测序服务
DNA甲基化测序服务
ChIP-qPCR技术服务
DNA甲基化芯片技术服务
ChIP-chip技术服务
MeDIP-qPCR技术服务
DNA羟甲基化芯片技术服务
DNA羟甲基化测序服务
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