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 SABiosciences第二代功能分类基因芯片简介

  SABiosciences公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于SABiosciences公司开发的200多种 Oligo基因芯片(第一代功能分类基因芯片),结合了实时定量PCR和第一代功能分类基因芯片的优点,可在一次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。
  SABiosciences公司第二代功能分类基因芯片的研发过程中,攻克了从反应体系优化到基因准确定量等多方面的技术难点。该芯片不仅克服了实时定量PCR检测基因表达工作量大、耗时久的缺点,而且将基因芯片的检测精度提高到了与实时定量PCR相当的水平。

1、引物设计严谨

SYBR Green
可与所有的双链DNA反应(包括引物二聚体),为了使扩增反应集中于目的基因,避免非特异性扩增,引物设计成为关键因素。为得到单一特异的扩增产物,避免扩增出序列相似的非特异性产物,采用BLAST或者其他比对方法,检测引物在相应物种(如人,小鼠或大鼠)全基因组中的特异性。为了保证在相同的PCR条件下(特别是统一的退火温度),不同基因均能扩增出相应的特异性产物,对引物的CG值,解链温度(Tm),以及其他化学和物理的特性都进行了优化调整。为了获得高扩增效率,对扩增片段的长度也进行了优化,一般为100200bp,确保在统一的循环反应的时间范围内,不同基因均能扩增出完整片段。
2、反应体系优化
为避免非特异性扩增,使用化学修饰的热启动Taq酶,只有经过热激步骤,Taq酶才能发挥扩增活性。同时,反应体系经过优化,可最大限度减少引物二聚体形成,并且保证较难扩增的片段都得到极高的扩增效率。
3、定量结果可靠
在标准的96PCR反应仪中进行实时定量PCR实验,为了获得高通量,无法为每个样品单独制备标准曲线。在完全相同的PCR反应条件下,希望表达量不同的多个基因均获得可靠的结果,需要确保每个基因都有较高的扩增效率,从而可采用简单的△△Ct方法计算基因表达量。

康成生物为您提供SABiosciences第二代功能分类基因芯片全程技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报告。


SABiosciences
第二代功能分类基因芯片
  第二代功能分类基因芯片与第一代功能分类基因芯片共同之处在于,对基因按照信号通路或者功能进行有目的的分类和筛选,避免了高通量基因芯片因数据过多而难以分析的缺点,数据分析直接高效。而相较第一代功能分类基因芯片,第二代功能分类基因芯片还具有以下的优越性:使用芯片即可达到实时定量PCR的精度,实验结果无须再进行实时定量PCR验证。

灵敏度高 扩增效率好——RNA量最低可至0.5ng,扩增效率达到100%

 

1模板为人总RNAGA-004)的10倍梯度稀释样品,采用人炎症细胞因子和受体芯片(APH-011A),分别检测看家基因和炎症特异性基因的表达。以Ct值为纵坐标和RNA样品量为横坐标作图。样品量最少为0.5ng,线性范围达到1050.5ng5ug)。斜率均值为-3.26±0.41,说明扩增效率达到约100%

线性范围广——线性范围达到105

 

2正常乳腺组织和乳腺癌的总RNABioChain InstituteInc.5.0ug)反转录为cDNA作为模板。采用人癌症信号通路发现者芯片(APH-033A),实验重复三次。不同样品线性范围均可达到105;在不同的样品稀释度下,同一看家基因的相对表达量均相同。

重复性好 误差范围小——在低Ct值下,重复性好

 

3为检测芯片重复性,对两种不同样品分别进行3次重复,共6次实验。A显示89个基因(包括84个通路特异性基因和5个看家基因)Ct值的均值,并且每个点上均标明相应的标准差。可见Ct值低时,重复性好(误差范围小),Ct值高,重复性较差(误差范围较大),与实时定量PCR的预期结果一致。B说明,Ct值标准差均值约为0.25个循环。因此,对于大多数基因(Ct值小于30),超过2倍的表达差异(显著性差异)可以准确测出。C通过Ct值的CV值检测重复性。同样,CV值低表明重复性好。

特异性高——产物特异性高,可区分同一样品中的同源基因

 

4为检测第二代功能基因芯片的特异性,单独测定每个基因的熔解曲线,随后进行凝胶电泳检测。结果表明,熔解曲线和凝胶电泳结果一致,熔解曲线均只出现一个峰,电泳图中只有单一条带,条带大小与预期结果一致。因此,芯片检测结果特异性高,可以区别RNA样品中同一基因家族的同源基因。

  综上所述,第二代功能分类基因芯片,由于其灵敏度高,样品的使用量低,每张芯片使用的总RNA最少可为0.5ng;可观察到的动态线性范围超过105,可以同时检测表达量差异较大的基因;Ct值的平均差异只有0.25个循环,可检测超过两倍的基因表达量变化。因此,第二代功能分类基因芯片是研究特定信号通路或者一组功能相关基因表达量的理想方法。


mRNA
产品信息
全基因组表达谱基因芯片
SABiosciences第二代功能分类基因芯片简介
细胞凋亡与细胞周期PCR芯片
肿瘤PCR芯片
毒理和药理PCR芯片
细胞和发育生物学研究PCR芯片
常见疾病研究PCR芯片
细胞因子与炎症反应PCR芯片
细胞外基质与黏连分子PCR芯片
神经科学PCR芯片
信号转导PCR芯片
其他PCR芯片
Arraystar RNA-Seq样品预处理试剂盒
NuRNA™ Small RNA Biogenesis Proteins PCR Array
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR Array
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR Array
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR Array
技术服务
全基因组表达谱基因芯片技术服务
生物信息学技术服务
功能分类PCR芯片技术服务
mRNA实时定量PCR技术服务
RNA测序技术服务
mRNA甲基化测序(MeRIP-seq)技术服务
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human Small RNA Biogenesis Proteins PCR芯片技术服务
NuRNA™ Human tRNA Modification Enzymes PCR芯片技术服务
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