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 ChIP-chip
    ChIP-chip(也被称为ChIP-on-chip)将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)及与芯片方法(chip)结合,是一种研究体内DNA与蛋白相互作用的高通量技术。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。ChIP-chip技术不仅可以用于研究蛋白因子与DNA的相互作用,还用可用于研究不同类型的组蛋白修饰与基因表达调控的关系等;ChIP-chip技术也已在一些至关重要的生命过程中为我们提供了重要的线索,包括细胞增殖、细胞分化、癌症发生、细胞周期、细胞凋亡以及神经生成等过程。
*  研究组蛋白的甲基化、乙酰化或磷酸化等修饰形式在所有基因启动子部位的结合状态
*  研究转录因子在所有基因启动子部位的结合状态(寻找转录因子调控的下游靶基因)

康成生物为您提供ChIP-chip全程技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成技术人员就能为您完成实验操作。包括样品交联、超声打断基因组、染色质免疫共沉淀、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析等。


Arraystar 4x180K启动子芯片
   
Arraystar 启动子芯片是为研究非编码RNA启动子区域的表观遗传修饰和转录因子结合情况而设计的产品。Arraystar分别针对mRNA,LncRNA,miRNA的启动子区域设计了不同的180K芯片产品,可以满足不同客户的需求。180 K的人、小鼠甲基化芯片,基因启动子的覆盖范围近2kb,是一款高品质高性价比的启动子芯片产品。

Arraystar RefSeq 启动子芯片产品列表

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human RefSeq Promoter Array NEW!
Human
4*180K
23,148 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array NEW!
Mouse
4*180K
22,327 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Rat RefSeq Promoter Array NEW!
Rat
4*180K
15,987RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)

Arraystar  ncRNA 启动子芯片产品列表

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human ncRNA Promoter Array NEW!
Human
4*180K
27,248 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 622 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)
Arraystar Mouse ncRNA Promoter Array NEW!
Mouse
4*180K
18,552 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 346 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)

Arraystar 癌症相关甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
    Arraystar 4 x 180K Block芯片是专门为研究癌症相关的block区域而设计的产品,覆盖位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因和8481个长链非编码RNA。通过这款芯片可以检测block区域中的基因和LncRNA的甲基化变化,组蛋白修饰以及转录因子结合情况。此外,结合Arraystar Block表达谱芯片,还可以了解甲基化变化与基因表达水平间的联系。

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human Block ArrayNEW!
Human
4*180K
27MB。位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个lncRNA、463个miRNA genes
 
 
 
 
   
   
最新研究表明:癌症中存在着一些低甲基化的区间(block),这些区间的长度在5kb到10M之间,长度中位值为28kb。1/3的基因转录起点都位于这些block中。此外,这些低甲基化的block与包括LADs*和LOCKs*在内的异染色质区域存在着很大重叠,表明癌症中的甲基化变化与染色质结构改变之间存在着很大的关联性。此外,低甲基化block中包含了绝大部分在肿瘤中表达变异较大的基因。而且,这些区域不仅整体甲基化水平下降,而且相对于正常样品,它们在不同肿瘤样品中甲基化水平变化更加剧烈。这表明:基因在癌症中的平均表达水平和平均甲基化程度固然很重要,它们在不同样品中的均一性也不容忽视,甚至是更加重要。
 
*:LADs:与核纤层蛋白结合的DNA区域。
LOCKs(large organized chromatin lysine modifications):富含异翻译后修饰(例如:组蛋白H3K9二甲基化修饰)的异染色质区域。

图1. 26个位于低甲基化block区域内的高变异基因的标准表达值(log转化后)。这些基因在肿瘤样品(红色点)中展现出剧烈的表达变异,而在正常样品(蓝色点)中表达变异很小。
 
Arraystar 4 x 180K DMR芯片
    Arraystar 4 x 180K DMR芯片是专门为研究癌症相关的差异甲基化区域而设计的产品,覆盖12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸。通过这款芯片不但可以检测癌症相关的甲基化变化,还可以了解引起这种甲基化变化的CpG岛边界漂移模式,从而更加全面直观的解析癌症甲基化组。

芯片名称
物种
规格
覆盖范围
Arraystar Human DMR Array NEW!
Human
4*180K
51MB 。12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸

    癌症中,除了低甲基化的长区间(block),还存在着许多长度小于5kb的差异甲基化区域(DMRs),被称为small DMRs。大部分癌症或组织特异性的差异甲基化区域(small DMRs)都位于CpG岛边缘2kb以内;相对于CpG岛,这一CpG密度较低区域称之为CpG岛岸(CpG shore)。癌症中,CpG岛边界发生漂移,从而导致CpG岛岸的甲基化水平发生变化:当CpG岛边界向CpG岛内部移动时,CpG岛岸发生超甲基化;当CpG岛边界向外移动时,CpG岛岸发生低甲基化。CpG岛边界的变化导致了基因表达的改变(图1)。
 
 
图1. DMR区域丧失甲基化稳定性的模式。图中横轴代表基因组特定区域,纵轴代表相应位点的甲基化程度,蓝色的线代表正常样品,红线代表癌症样品,DMRs区域用粉红色的背景标记。癌症相关的甲基化变化可以分为四类主要的模式:(a)甲基化边界外移;(b)甲基化边界内移;(c)甲基化边界消失;(d)通过去甲基化形成的新的DMR区域。
 
ChIP-chip芯片技术示意图
 
A.formaldehyde处理细胞,交联核酸与DNA结合蛋白;
B.裂解细胞,并以超声波将染色质破碎成400-500bp片断;
C.取B步骤所得染色质片断与ChIP特异抗体结合,利用免疫磁珠法富集抗体复合物后解交联纯化DNA片段,并进行纯化;取部份B步骤所得低分子量片断作对照(Input)不进行ChIP实验,但也要解交联并纯化;
D.使用Sigma WGA Kit线性扩增ChIP-DNA以及Input-DNA片段;
E.分别对ChIP-DNA(Cy5)以及Input-DNA(Cy3)进行荧光标记;
F.混合标记后的样本后ChIP-chip芯片杂交、清洗;
G.用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;
     对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、结果报告。
     如图H所示,标记Cy5(红色荧光)的ChIP样本DNA与标记Cy3(绿色荧光)的Input样本DNA同时与芯片上的Oligo探针杂交,转录因子TF结合的基因组区段被富集,所以与之对应探针的红色荧光信号(Cy5)要高于绿色荧光信号(Cy3);而其它地方探针的红绿两荧光信号则会比较接近。
将探针依染色体定位沿横轴标出,每个探针对应的Cy5/Cy3比值沿纵轴标出,连接数据点可得到一个简图,一个峰代表一个可能的蛋白结合事件。
H.利用Agilent公司专门设计的ChIP Analytics Software软件进行数据处理分析与可视化浏览;
I. 可视化功能的部分展示,您可以方便的选择任意一条染色体上的任意一个区段进行放大浏览(红色方框高亮显示),在图象下部该区段上每个探针依染色体位置沿横轴排列,纵轴代表每个探针标准化后的信号比值(Cy5/Cy3),而该区段在各个公共数据库(RefSeq、MGC、Ensembl等)中对应的注释信息简图会在图象中部显示,您还可以点击每个探针对应位置的基因组注释简图通过Internet连接UCSC基因组浏览器(图中没有显示)以得到该区段更加详细的基因组注释信息,从而很方便的研究芯片实验结果。

Genome/Epigenome
产品信息
DNA甲基化芯片
ChIP-chip
Seq-Star™ DNAClean Beads
Seq-Star™ DNA Size Selection Kit
Seq-Star™ RNAClean and smallEnrich Beads
Seq-Star™ poly(A) mRNA Isolation Kit
Seq-Star™ rRNA Removal Kit
Seq-Star™ Rapid DNA-seq Kit
Seq-Star™ Rapid RNA-seq Kit
Seq-Star™ Small RNA-seq Kit
技术服务
染色质免疫共沉淀测序服务
DNA甲基化测序服务
ChIP-qPCR技术服务
DNA甲基化芯片技术服务
ChIP-chip技术服务
MeDIP-qPCR技术服务
DNA羟甲基化芯片技术服务
DNA羟甲基化测序服务
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