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 环状RNA芯片技术服务
    环状RNA(circRNA)是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA;也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征,使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性内源RNA(ceRNA),即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外,一些内含子类型的环状RNA(ciRNA)会促进宿主基因的转录。
    为了能够更好地研究circRNA,美国Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的最新顶尖文献,所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证,以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注,这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。

康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商,为您提供一站式circRNA芯片技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。

Arraystar环状RNA芯片产品列表 

服务

芯片

规格

描述

Human Circular RNA  Array Service

NEW  Human Circular RNA Array V2.0

8 × 15K

13,617 human circular RNAs

Mouse Circular RNA  Array Service

NEW  Mouse Circular RNA Array V2.0

8 × 15K

14,236 Mouse circular RNAs

Rat Circular RNA  Array Service

NEW  Rat Circular RNA Array V2.0

8 × 15K

14,145 Rat circular RNAs

 
Arraystar环状RNA芯片特点 
· 全面、系统的circRNA收集:circRNA研究领域顶尖期刊和权威公共数据库,运用强大的信息筛选系统,挑选出最可靠的circRNA。

· 高效、精准的circRNA检测:剪接位点特异性探针与Rnase R预处理双重保障,即便相应线性RNA存在也能特异性检测circRNA。
 
· 严谨、可靠的Spike-in对照:在RNA样品中加入一组由ERCC (External RNA Controls Consortium)开发的外源性RNA,可对RNA扩增,标记和芯片杂交过程中产生的实验偏差进行校正,增加样本间结果比较的可靠性。

· 详尽、丰富的circRNA注释:Arraystar miRNA靶基因预测软件对circRNA上的保守miRNA的结合位点进行了预测,并对其中匹配分值较高的位点进行了注释(下图)。此外,我们还提供了与circRNA对应的线性mRNA信息。根据信息,客户可以很方便地从不同角度研究circRNA的作用机制和生物功能。


*图释:circRNA芯片实验大体流程(上图)及详细的circRNA注释(下图):1)与circRNA对应的线性mRNA信息;2)circRNA上匹配度比较好的保守miRNA的结合位点。
 
circRNA高通量筛选的利器:RNA-seq or microarray?
      circRNA在细胞内含量极低,约占线性RNA的5-10%,通过测序获得的circular junction reads 数目更低。RNA测序仅仅能有效检测低于5% 的circRNAs(图6),即便将测序量提高到300M reads,对于检测准确度的影响也是微乎其微。
      测序不是circRNA高通量筛选的最优检测手段,circRNA-seq需要双端模式和极高的测序量。此外,后续的数据分析(如mapping所需数据库、circRNA转录本组装、特殊生物信息学算法、计算机筛选程序等)也存在一系列难题。由于上述因素所限,通过circRNA-seq发现新的circRNA的可能性几乎为零。
      circRNA芯片采用特异性剪接位点探针与外切酶预处理双重保障,能够准确检测样本中circRNA的表达。芯片杂交不受RNA丰度的影响,即便在一个细胞中只含一个circRNA拷贝也能够做到特异性检测。此外,芯片避免了circRNA-seq复杂的建库过程,其简单成熟的技术是circRNA高通量筛选的首选平台。


*图释:定量可靠的转录本比例与测序深度关系图。RNA测序一般产生低于30M mRNA reads(蓝圈),低于0.5M circular junction reads(红圈),真正得到有效检测的circular junctions低于5%。(Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics [PMID 21685096].)

康成生物环状RNA芯片技术服务主要实验流程
    1. 样品RNA抽提
    • 实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
    • 实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂TRIzol,裂解后抽提RNA。
    2.  RNA质量检测
    • 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
    • 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA纯度及完整性。
    • 提供RNA QC报告。
    3. RNase R处理
    4. cDNA/aRNA样品合成和标记
    5. 标记效率质量检测
     • 使用Nanodrop检测荧光标记效率,标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
    6. 芯片杂交
     • 在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
    7. 图像采集和数据分析
     • 使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
    8. 提供实验报告:
     • Scanning Image: Cy3荧光扫描图像;
     • Scatter Plot: 散点图,X轴为Control信号值,Y轴为Experiment信号值,表示信号数据总体分布趋势;
     • Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据;
     • Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值;
     • P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因,p-value越小,该circRNA在两组样本间差异表达越显著;
     • Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value以及circRNA的详细注释信息(相应的线性mRNA和miRNA结合位点)。

康成客户实例——Arraystar环状RNA芯片
circRNA在免疫衰老中的相关研究 (Comprehensive circular RNA profiling reveals that circular RNA100783 is involved in chronic CD28-associated CD8(+)T cell ageing. Immunity & Ageing, 2015)
    生物机体免疫系统随着年龄的增长而不断恶化,这个过程被称为免疫衰老(immunosenescence);免疫衰老与系统炎症反应、慢性炎症疾病及癌症发生等密切相关,但目前对引发免疫衰老的机制了解的甚少。该研究通过Arraystar circRNA芯片筛选发现:在健康成人与免疫力低下的老年人的外周血淋巴细胞中,circRNA的表达谱具有明显的差异。在差异表达的circRNA中,研究者通过qPCR验证发现hsa_circRNA_100783可以明显区分两种不同类型的样本,可以作为免疫衰老的biomarker。研究者接着对circRNA可能结合的miRNA进行了靶基因预测,推测circRNA很可能通过调控磷酸蛋白信号转导途径来影响免疫细胞衰老的过程。

国内学者使用康成Arraystar环状RNA芯片务发表的SCI成果
→  Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Oncotarget. 2016. (New)  
→  Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals That hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, Is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development. Medicine. 2016. (New)  
→  Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Scientific Reports. 2016. (New)
→  Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Scientific Reports. 2016. (New)
→  Circular RNA in blood corpuscles combined with plasma protein factor for early prediction of pre-eclampsia. BJOG. 2016. (New)
→  Circular RNA expression alterations are involved in OGD/R-induced neuron injury. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2016. (New)
→  Comprehensive circular RNA profiling reveals that circular RNA100783 is involved in chronic CD28-associated CD8(+)T cell ageing. Immunity & Ageing. 2015.
→  Microarray expression profile of circular RNAs in human pancreatic ductal adenocarcinoma. Genomics Data. 2015.
→  Noncoding RNAs in human intervertebral disc degeneration: An integrated microarray study. Genomics Data. 2015.

circRNA
产品信息
Arraystar公司环状RNA芯片V2.0
技术服务
环状RNA芯片技术服务
circRNA实时定量PCR技术服务
相关文献
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环状RNA的研究意义
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