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 miRStar™ Cancer Focus microRNA PCR芯片技术服务
  美国Arraystar公司是非编码RNA研究领域的领导者, 近期Arraystar公司发布了创新性的miRStar™癌症特异性microRNA PCR系统,能够帮助客户快速筛选microRNA分子标志物,或是解析microRNA的调控机制和功能。其中,miRStar™癌症特异性 microRNA芯片聚焦于血清Oncomir(癌症相关的miRNA),是microRNA癌症分子标志物的筛选利器;而miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因 PCR芯片能够同时检测癌症相关的microRNA和它们的靶基因,评估这些microRNA对靶标mRNA的调控活性,从而帮助研究者筛选到癌症中最为核心的功能microRNA分子,并迅速了解其调控机制和功能。

康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司miRStar™ microRNA PCR芯片全程一站式技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。


miRStar™癌症特异性microRNA PCR芯片产品列表
服务
芯片
规格
描述
NEW   miRStar™ Human Cancer Focus microRNA PCR Array Service
NEW Human Cancer Focus microRNA PCR Array
384-well plate
184个血清Oncomir
NEW  miRStar™ Human Cancer Focus microRNA & Target mRNA PCR Array Service
NEW Human Cancer Focus microRNA & Target mRNA PCR Array
384-well plate
184个癌症相关的microRNA + 178个靶基因
 
miRStar™癌症特异性microRNA芯片---聚焦于血清Oncomir,分子标志物筛选利器
聚焦于血清Oncomir
    microRNA在癌症等疾病状态下发生显著的表达改变,多年积累的大量研究结果支持microRNA与癌症的密切关系。近年来,研究进一步发现,microRNA在血清,血浆,尿液等临床样品中稳定存在。基于microRNA,特别是血清血浆microRNA 的癌症分子生物学标记物(biomarker)筛选方兴未艾。为了帮助客户筛选microRNA癌症分子标志物,Arraystar公司创新性的开发了miRStar™癌症特异性 microRNA芯片。 miRStar™癌症特异性 microRNA芯片聚焦于血清血浆Oncomir。它涵盖了184个从最新的权威数据库和经典文献中精心收集的,与胃癌﹑肝癌﹑肺癌﹑乳腺癌﹑卵巢癌﹑结直肠癌﹑胰腺癌﹑前列腺癌等常见肿瘤相关的microRNA(Oncomir)。更为重要的是,这些癌症相关的microRNA都在血清样品中经过了严格的测试,证明了其在血清中的稳定存在,因此非常适合于分子标志物的筛选。
 
 
*图释:血清microRNA是重要的癌症诊断分子标记物
                                                    
microRNA作为分子生物学标记物的优势
    ● 在血清/血浆,FFPE等临床样品中高度稳定
    ● miRNA表达的呈现出高度的组织/疾病特异性
    ● 单个miRNA往往可以调控数以百计的靶基因,因此只需通过少量的miRNA分子标志物就可相对准确的对疾病进行诊断和预后判断
    ● miRNA是重要的调控分子,不仅可以用作诊断(diagnosis)和预后(prognosis)标志物还可以作为治疗靶点
 
最优的覆盖—对癌症相关的microRNA最全面,最及时的收集
    Arraystar实时的关注各种权威的文献和数据库,并通过严谨的筛选流程从中收集癌症关系最密切的microRNA。miRStar™ 癌症特异性microRNA PCR芯片是市场上对癌症相关的microRNA覆盖最全面、更新最及时、最合理的PCR芯片产品(见下表)。
 
癌症类型
miRNA数目
乳腺癌
157
胃癌
97
肺癌
156
肝癌
113
卵巢癌
123
结直肠癌
130
胰腺癌
139
前列腺癌
140
 
*图释:miRStar™癌症特异性 microRNA PCR芯片覆盖的与特定癌症相关的microRNA数目。
 
验证过的性能—芯片上的所有microRNA引物都在血清样品中验证过
    miRStar™ 癌症特异性microRNA PCR芯片上每条microRNA引物都经过了精心的设计,并且在血清血浆样品中进行了验证(见下图)。预验证的结果既确保了芯片的可靠性,又证实了这些癌症相关的microRNA在血清血浆中的稳定性,进一步预示了其作为癌症分子标志物的可能性。

*图释:在血清样品中,使用miRStar™ 预验证的 hsa-miR-142-3p特异性PCR引物的实时定量PCR扩增曲线(A)和熔解曲线(B)。溶解曲线呈现锐利的单峰,表明了反应具有很高的特异性。
同时检测两个样品—样品间技术误差可以忽略不计
    miRStar™癌症特异性 microRNA PCR芯片可以在同一块PCR板上同时检测2个样品,如癌症样品 vs 正常样品或是两个生物学重复,样品间的技术误差几乎可以忽略不计。
 
miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因芯片---同时检测microRNA和靶基因,microRNA功能解析利器
    microRNA可以通过碱基互补的方式和靶标mRNA结合,而后降解mRNA沉默基因的表达。一个microRNA 可以调控近百个不同的mRNA分子,另一方面,一个mRNA也能够结合多个不同的microRNA. 由此形成microRNA-靶基因网络调控关系。在癌症研究领域中,microRNA已经成为一个非常重要的部分。不同类型癌症样品具有不同的基因表达模式,因此,即使是相同的microRNA,它们在不同类型的癌症样品中的调控的靶基因往往是不同的。
    传统的microRNA检测平台只检测microRNA的表达状况,不能平行的检测microRNA和靶基因,从而无法全面的了解microRNA-靶基因调控网络。
    Arraystar公司开创性的设计了miRStar™microRNA PCR芯片系统,可以同时检测癌症相关的microRNA和它们的靶基因。它不仅能够快速检测样品中癌症相关的microRNA的表达变化,还可以评估这些microRNA对靶标mRNA的调控活性,从而帮助研究者筛选到疾病中最为核心的功能microRNA分子,并迅速了解其调控机制和功能。
 
同时检测癌症相关的microRNA和靶基因
    miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因 PCR芯片包含癌症相关的184个microRNA以及这些microRNA的178个靶标mRNA分子。184个microRNA是从最新的文献中精心筛选,涵盖了与胃癌,肝癌,肺癌,乳腺癌,卵巢癌,结直肠癌,胰腺癌,前列腺癌等常见肿瘤相关的microRNA(见下表)。178个靶mRNA有大量的文献支持,其表达水平的变化与肿瘤中microRNA的功能活性改变有关。通过创新性的实验设计(见下图),miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因 PCR芯片实现了对microRNA和 靶mRNA的同时检测,采用高效,优化的实验流程,起始RNA量可低至50ng。

*图释:miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因 PCR芯片包含的microRNA(黄色背景),mRNA(紫色背景)和内参(红色方框).


*图释:miRStar™癌症特异性microRNA & 靶基因PCR芯片工作流程。

康成生物microRNA PCR芯片主要实验流程
1.样品RNA抽提
   a.实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
   b.实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml),裂解后抽提RNA。
2.DNase I消化RNA样品
   DNase I在37°C温育处理RNA样品,去除RNA抽提过程中可能混入的基因组DNA。
3.RNA纯化
   RNeasy MinElute纯化试剂盒(Qiagen)对DNase I处理的RNA样品纯化回收,以得到单纯的RNA样本。
4.RNA质量检测
   a.使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
   b.用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA纯度及完整性。
   c.提供RNA QC报告。
5.cDNA合成
   按照miRStarTM第一链cDNA合成试剂盒使用说明将样品RNA逆转录为cDNA (oligo dT和miRStarTM microRNA反转引物)。
6.实时定量PCR
   按照芯片说明将cDNA模板适当稀释后加入到实时定量PCR反应混合液中,然后在含有基因特异性引物的384孔板各孔中加入等量反应液,进行实时定量PCR反应。
7.数据分析
   利用配套软件计算PCR芯片中的各个基因的Ct值,采用公认的ΔΔCt方法比较基因的表达变化。
   a.计算每个处理组中的每个microRNA和靶基因的ΔCt(microRNA和靶基因分别用各自的内参基因)。
   ΔCt (Ctrl) = average Ct - average of HK genes’Ct for Ctrl array
   ΔCt (Exp) = average Ct - average of HK genes’Ct for Exp array
   b.计算2个PCR Array中每个基因的ΔΔCt。
   ΔΔCt = ΔCt (Exp) - ΔCt (Ctrl)
   c.通过2-ΔΔCt计算Exp(实验组)与Ctrl(对照组)间基因的表达差异。
8.提供实验报告
   Gene table(PCR板所含的基因列表)
   Excel芯片结果汇总表(包括芯片原始结果、数据分析和各种图表)
 
康成生物microRNA PCR芯片数据分析
1. 差异microRNA筛选
    microRNA的qPCR数据展示在“microRNA expression data”数据表格中,表达有差异(>2倍)或有显著性(P<0.05)的数据用有颜色的字体标注,客户可以很方便的根据自身要求,利用倍数变化和P值在列表中筛选差异microRNA,常用筛选标准:倍数变化>2倍,P<0.05。
 
*图释:差异microRNA筛选示例
 
2. 差异mRNA筛选 (仅适用于miRStar™癌症特异性 microRNA & 靶基因芯片)
    靶mRNA的qPCR数据展示在“mRNA expression data”数据表格中,表达有差异(>2倍)或有显著性(P<0.05)的数据用有颜色的字体标注,客户可以很方便的根据自身要求,利用倍数变化和P值在列表中筛选差异microRNA,常用筛选标准:倍数变化>2倍,P<0.05。
 
 
*图释:差异mRNA筛选示例
 
3. 差异microRNA与靶mRNA的联合分析 (仅适用于miRStar™癌症特异性 microRNA & 靶基因芯片)
    我们还将差异表达的microRNA(一般筛选标准为:倍数变化>=2倍,P<0.05)与其靶mRNA的表达数据进行整合,相应的数据展示在“microRNA-mRNA data”数据表格中。如果microRNA的靶基因与其表达趋势相反,并且也在样品组间呈现出显著性的差异,那么在此类样品中这个靶基因可能是此microRNA真实的靶基因。microRNA与靶mRNA的作用位点,可能的细胞学功能,以及相应的实验证据来源也列在表格中。
*图释: 差异microRNA和靶mRNA的联合分析示例

4. 散点图
    
客户可以根据散点图直观的看到表达上下调的基因,及其上下调程度

*图释:散点图示例。位于灰色条带上方的是上调倍数大于2倍的microRNA/mRNA,位于灰色条带下方的是下调倍数大于2倍的microRNA/mRNA

5. 3D
    
可以直观的了解表达上下调的基因,及其在PCR板上的位置

*图释:3D图示例。纵轴为基因表达倍数变化,横纵轴分别代表相应基因在PCR板上的位置。

mirstar芯片microRNA列表.pdf

microRNA
产品信息
miRStar™ Pre-designed miRNA-specific Primers
Exiqon公司microRNA芯片
Exiqon公司microRNA PCR芯片
Exiqon miRNA研究配套试剂
Arraystar公司miRStar™人肿瘤相关microRNA PCR芯片
Exiqon公司microRNA原位杂交检测探针及优化试剂盒
Exiqon公司microRNA LNA Knockdown探针
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:SYBR® Green Master Mix
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:cDNA Synthesis Kit
Arraystar公司miRStar™ qPCR配套试剂:microRNA特异性PCR引物
Arraystar miRStarTM Cancer Focus miRNA PCR研究配套试剂
技术服务
microRNA测序服务
microRNA芯片技术服务
miRStar™ Cancer Focus microRNA PCR芯片技术服务
microRNA实时定量PCR技术服务
microRNA PCR芯片技术服务
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