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 nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array

      转运RNA (tRNA) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小RNA分子。它携带并转运氨基酸,参与蛋白翻译,是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着tRNA水平的变化。反之,tRNA表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的tRNA可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外,许多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷顿症以及HIV感染都出现了tRNA表达与分布紊乱。tRNA研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。
      美国Arraystar公司是非编码RNA研究最优秀的产品服务提供商。近期Arraystar发布了市场上首款专注于tRNA研究的PCR芯片­— nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array。该款芯片可同时检测66个细胞核tRNA22线粒体tRNA,覆盖了tRNA权威数据库GtRNAdbtRNAdb中的所有反密码子,方便客户快速地进行tRNA表达谱分析,为下一步的密码子偏好性、蛋白翻译效率和准确性、细胞动力学以及病毒感染的细胞嗜性等研究提供重要线索,是进行tRNA研究必不可少的工具。为了保证数据可信度,芯片还包含了3个看家小RNA作为内参,3个质控对照RNA Spike-inPCR阳性对照(PPC)和基因组DNA对照(GDC,分别用于监测cDNA合成质量、PCR效率和基因组DNA污染。
      tRNA
存在种类繁多的修饰,对其发挥功能十分关键。然而,这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行,导致cDNA合成终止或碱基错配。为此,Arraystar专门开发了针对tRNA的反转录试剂盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。该试剂盒采用了一种高效的RNA去甲基化酶AlkB,能够有效地去除tRNA上的甲基化修饰,极大地提高cDNA合成质量。与此试剂盒组合使用,研究人员能够获得更为真实可靠的tRNA表达变化,为研究蛋白质组或tRNA来源片段(tRFs)提供重要信息。

nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR 芯片产品列表

服务

芯片

规格

描述

NEW  nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array Service

NEW  nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array

384-well (4*96) plate

同时检测66个细胞核tRNA22个线粒体tRNA


芯片特点
 囊括GtRNAdbtRNAdb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
 
伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
 
所有引物均在多种细胞和组织中通过验证
 
即拆即用型384孔板,几小时内便可得到结果

康成tRNA Repertoire PCR芯片服务实验流程
1. RNA抽提与质量检测
    进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2. 
去甲基化处理与cDNA合成
    每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR
扩增
    cDNA Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 
熔解曲线分析与原始数据导出
    PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

康成tRNA Repertoire PCR芯片服务数据分析流程
1. PCR
芯片数据质控
    质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与Ct值计算
    板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
   
内参校正与Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算Ct值。
3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
    使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P
值计算
    对样本组进行t检验,计算P值。
5. 
其他常规数据分析
    散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调tRNA柱形图分析
6. 
提供服务报告与数据分析结果
   a. Arraystar服务报告(包括RNA样本QCqPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
   b. Excel
芯片结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
   c. Raw Data
文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

康成tRNA Repertoire PCR芯片服务部分数据分析结果展示
1. 差异表达tRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>1.5P<0.05,客户可指定筛选参数值)

2. 散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为1.5)

   

3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5;蓝色水平线代表P值为0.05

     

4. TOP20表达上调tRNA柱状图

   

5. TOP20表达下调tRNA柱状图

  


tRF/tiRNA/tRNA
产品信息
nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array
nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array
技术服务
tRF & tiRNA实时定量PCR技术服务
tRNA测序服务
tRF&tiRNA测序服务
nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array
nrStar™ tRF&tiRNA PCR芯片技术服务
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