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 NuRNA™ Human Small RNA Biogenesis Proteins PCR芯片技术服务

      Small RNA是指长度小于200bp,不具蛋白编码能力的一类RNA分子。small RNAs不仅在细胞中具有较高的表达量,也广泛存在于各类体液中。根据长度、结构形态、功能形式以及合成途径的不同,科研人员将small RNAs分成了七种类型:microRNA (miRNA)、PIWI-interacting RNA (piRNA)、small interfering RNA (siRNA)、small nucleolar RNA (snoRNA)、small nuclear RNA (snRNA)、transfer RNA (tRNA)、tRNA-derived fragment (tRF&tiRNA)(图1)。这些small RNA分子在转录水平或转录后水平,参与调控基因表达[1-3]

图 1. Small RNAs的分类与功能

      small RNA的合成途径极其复杂,具体过程有待进一步的挖掘。在许多疾病中,科研人员都检测到了不同small RNA的合成紊乱。例如,DROSHA与DICER1是miRNA合成过程中非常关键的两个蛋白,其表达水平会随着肿瘤的发生发展而变化,并可作为神经母细胞瘤预后诊断的潜在标记物[4] 。近些年来,small RNA吸引了越来越多的关注,small RNA合成途径的研究也受到了更多的重视。
      对于特定通路或聚焦领域中的基因而言,PCR芯片是其表达研究最可靠便捷的手段。为了帮助研究人员方便快捷地分析small RNA合成相关蛋白的表达水平,Arraystar开发了市场上第一款small RNA合成蛋白检测PCR芯片。该芯片能够同时分析185个mRNA,它们都是在各类small RNAs合成过程中发挥关键作用的蛋白分子的表达水平,是small RNAs研究的一件利器。

产品信息:

芯片
 规格
描述
NuRNA™ Human Small RNAs Biogenesis-Related Protein PCR Array Service NEW!
384-well(2*192)/ plate
miRNAs(57个)+piRNAs(17个)+siRNAs(24个)+snoRNAs(24个)+snRNAs(41个)+tRNAs/tRFs(47个)

片特点:
覆盖度广—收集了GO通路中所有与small RNA合成相关的蛋白分子
严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
快速简易—即用型384孔板规格,只需将cDNA与qPCR Master Mix混合试剂加入PCR板中,4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。

表 1. 人类small RNAs合成相关蛋白(185个蛋白)

miRNA biogenesis (57):
ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; BCDIN3D; CNOT1; CNOT10; CNOT11; CNOT2; CNOT3; CNOT4; CNOT6; CNOT6L; CNOT7; CNOT8; DGCR8; DICER1; DIS3L2; DROSHA; EIF6; ESR1; ETS1; FOSL1; HNRNPA2B1; HRAS; KHSRP; LIN28B; METTL14; METTL3; MOV10; MRPL44; NCOR1; NCOR2; NFKB1; PNPT1; PPP3CA; PRKRA; PTBP1; RAN; RBM4; RELA; RPL7A; RQCD1; SMAD1; SMAD2; SMAD3; SNIP1; SRRT; SUPV3L1; TARBP2; TNRC6A; TNRC6B; TNRC6C; XPO5; ZC3H12A; ZCCHC11
piRNA biogenesis (17):
ASZ1; DDX4; EXD1; FKBP6; HENMT1; MAEL; MOV10L1; PIWIL1; PIWIL2; PIWIL4; PLD6; TDRD1; TDRD12; TDRD6; TDRD7; TDRD9; TDRKH
siRNA biogenesis (24):
ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; CELF1; CLP1; DICER1; DROSHA; MBD2; MBD3; MECP2; MRPL44; NRDE2; PRKRA; TARBP2; TERT; TLR7; TLR9; TSEN15; TSEN2; TSEN34; TSEN54; XPO5
snoRNA biogenesis (24):
AQR; DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; FBL; FBLL1; GAR1; NAF1; NOP10; NOP56; NOP58; NUDT16; PIH1D1; PRPF31; RNF113A; RNF113B; RPAP3; RUVBL1; RUVBL2; SNU13; ZNHIT6
snRNA biogenesis (41):
CPSF3L; DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; EXOSC7; EXOSC8; EXOSC9; INTS1; INTS10; INTS12; INTS2; INTS3; INTS4; INTS5; INTS6; INTS7; INTS8; INTS9; KPNB1; MEPCE; NCBP1; NCBP2; NHP2; NOP10; PHAX; RPAP2; SMN1; SNAPC1; SNAPC2; SNAPC3; SNAPC4; SNAPC5; SNUPN; TGS1; TUT1; USB1; XPO1; ZPR1
tRNA & tRF biogenesis (47):
AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; ANG; DGCR8; DICER1; EIF2AK4; ELAC1; ELAC2; HSD17B10; KIAA0391; NUP107; NUP153; NUP155; NUP160; NUP188; NUP210; NUP214; NUP35; NUP37; NUP43; NUP54; NUP62; NUP93; NUP98; NUPL2; PIWIL4; POM121C; POP1; POP4; POP5; POP7; PTCD1; RAE1; RANBP2; RPP14; RPP21; RPP25; RPP30; RPP38; RPP40; TPR; TRMT10C; TRNT1; XPOT; Ybx1


PCR芯片实验流程

1.RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2.cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3.Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4.熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

PCR芯片数据分析流程
1.PCR芯片数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5.其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调transcript柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
a.Arraystar服务报告(包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤)
b.Excel芯片结果汇总表(包括transcript列表,数据分析结果和各类图表)
c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

NuRNA™ Human small RNA Biogenesis PCR芯片服务部分结果展示

1.差异表达转录本列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)


2. 散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)


3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)

4. TOP20表达上调transcript柱状图

5. TOP20表达下调transcript柱状图

 

参考文献
[1] Kim VN. Small RNAs: classification, biogenesis, and function. Mol cells 19, 1-15. (2005),
[2] Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 12, 861-74. (2011), PMID:22094949.
[3] Matera AG, et al. Non-coding RNAs: lessons from the small nuclear and small nucleolar RNAs. Nat Rev Mol Cell Biol 8, 209-20. (2007), PMID:17318225.
[4] Lin RJ, et al. microRNA signature and expression of Dicer and Drosha can predict prognosis and delineate risk groups in neuroblastoma. Cancer Res 70, 7841-50. (2010), PMID:20805302.

 


mRNA
产品信息
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR Array
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR Array
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR Array
NuRNA™ Small RNA Biogenesis Proteins PCR Array
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