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 mRNA甲基化测序(MeRIP-seq)技术服务

      m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。


图1:m6A甲基化和去甲基化示意图

      目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。

m6A甲基化测序技术优势
● 灵活度高:能够直接对任意物种的转录组高甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。
● 检测范围广:覆盖整个转录组范围的甲基化区域。
● 精确度高:能够在实际结合位点100-200个碱基范围内精确定位。
● 数字化信号:直接对甲基化片段进行定量和测序,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。

实验流程图



              图2:MeRIP-seq实验流程图       

康成基本数据分析结果展示
m6A甲基化峰分析

  
表1:m6A甲基化谱数据列表

2.m6A甲基化峰注释
      利用最新的RefSeq数据库,每个峰通过与其最邻近基因位置关系对甲基化峰进行注释,分成:外显子峰,内含子峰,非翻译区峰,基因间m6A峰。


  

图3:m6A甲基化峰分布图。

3. m6A甲基化峰的可视化
      m6A甲基化测序结果中的wig文件能够上传到基因组浏览器中,以便进行m6A信号区域的可视化。


图4:可视化分析

参考文献
Dan Dominissini.et. al. (2012) Nature 485(7397):201-206 [PMID: 22575960].
Meyer KD.et. al. (2012) Cell 149(7):1635-46. [PMID: 22608085].
Dan Dominissini.et. al. (2013) Nat Protoc. 8(1):176-89. [PMID: 23288318].


mRNA
产品信息
NuRNA™ Human Central Metabolism PCR Array
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR Array
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR Array
NuRNA™ Small RNA Biogenesis Proteins PCR Array
SABiosciences第二代功能分类基因芯片简介
全基因组表达谱基因芯片
信号转导PCR芯片
肿瘤PCR芯片
细胞因子与炎症反应PCR芯片
细胞和发育生物学研究PCR芯片
常见疾病研究PCR芯片
毒理和药理PCR芯片
细胞外基质与黏连分子PCR芯片
神经科学PCR芯片
细胞凋亡与细胞周期PCR芯片
其他PCR芯片
Arraystar RNA-Seq样品预处理试剂盒
技术服务
mRNA甲基化测序(MeRIP-seq)技术服务
全基因组表达谱基因芯片技术服务
RNA测序技术服务
功能分类PCR芯片技术服务
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生物信息学技术服务
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