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 Arraystar snoRNA PCR芯片技术服务

      近年来,snoRNA已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snoRNA在血液、痰液以及尿液中稳定存在,是高潜能的疾病诊断分子标志物。Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human snoRNA PCR Array,包含了359条从权威数据库SnoPY 与 snoRNA-LBME-db精心挑选的snoRNA,是目前市场上snoRNA覆盖度最高的PCR芯片,是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。
      核仁小RNA (snoRNA) 是一类中等长度的非编码小RNA分子,其长度60-300 nt不等,是snoRNPs复合物的主要成员之一 [1]。在snoRNP复合物中,snoRNA通过碱基互补原理识别rRNA上的特定位点,引导复合物对这些位点进行2'-O甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中,核仁小RNA的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区,其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小RNA [2]。snoRNA参与多种生物学过程,包括rRNA的加工处理,RNA剪接和翻译,以及对氧化应激反应的调控 [3]。根据snoRNA结构与功能的不同,可将snoRNA分为两大类:负责2'-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA [1]。另外,还存在一类比较特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特异表达于细胞核的Cajal小体,具有类似的C/ D box或H/ ACA box结构[4]。snoRNA还产生类似miRNA的短片段非编码RNA,可与AGO蛋白结合并识别靶向mRNA序列,调控其翻译过程[5]
      多项研究表明,snoRNA在肿瘤中异常表达,并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snoRNA可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如,SNORD50A/B具有结合K-Ras并抑制其活性的功能,常在癌症中发生缺失突变[8];SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 与乳腺癌的不良预后有关[9];SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作为癌基因存在,抑制SNORA42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。C/D Box 类snoRNAs在癌症中普遍高表达[11]。此外,snoRNA在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。

nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array服务列表

服务名称
芯片
规格
描述
nrStar™ Human snoRNA PCR Array Service
nrStar™ Human snoRNA PCR Array
384-well plate
359条snoRNA,7条snoRNA靶向snRNA和 4条snoRNPs复合物成员mRNA

芯片特点
• 最佳覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snoRNA,snoRNA靶向snRNA以及snoRNP复合物成员,是目前市场上覆盖度最高的PCR芯片
• 无与伦比的灵敏度 –只需50 ng总RNA,无需扩增
• 稳定有效的PCR引物 – 所有引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
• 简单快速 –无需扩增,只需将反转好的cDNA与SYBR® Green master mix混合加入到板中,然后运行qPCR, 4小时内即能得到实验结果
• 疾病分子标志物筛选 –高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量使其成为疾病分子标志物筛选与验证的首选

PCR芯片所包含的snoRNA列表
SnoPY :http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
snoRNA-LBME-db:https://www-snorna.biotoul.fr//

C/D BOX213
SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127;
SNORD1A;SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103;
SNORD103B;SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13;
SNORD14A;SNORD14B;SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A;
SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;SNORD21;SNORD22;SNORD24;
SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;SNORD30;SNORD31;
SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;SNORD35B;
SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B;
SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B;
SNORD96A;SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B;
SNORD83A;SNORD117;SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118;
SNORD78;SNORD77;SNORD76;SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B;
SNORD61;SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;SNORD53;SNORD52;SNORD51;
SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87;
SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4;SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2;SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14;
SNORD3L3;SNORD118L11;SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37;
SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1
 
H/ACA BOX122
SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25;
 SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33;
 SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4;
SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49;
SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55;
SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60;
 SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9;
SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69;
SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2;
 AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4
 
Cajal body-specific scaRNAs24
SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22

PCR芯片实验流程
1.RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2.cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3.Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4.熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

PCR芯片数据分析流程
1.PCR芯片数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5.其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调snoRNA柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
a.Arraystar服务报告(包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤)
b.Excel芯片结果汇总表(包括snoRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

Arraystar snoRNA PCR芯片服务部分结果展示
1.差异表达snoRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)

2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)

3.火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)

4.TOP20表达上调snoRNA柱状图

5.TOP20表达下调snoRNA柱状图

参考文献
1.Esteller M. (2011) "Non-coding RNAs in human disease." Nat. Rev. Genet. 12(12):861-74 [PMID: 22094949]
2.Richard P. and T. Kiss (2006) "Integrating snoRNP assembly with mRNA biogenesis." EMBO Rep. 7(6):590-2 [PMID: 16741502]
3.Williams G.T. and F. Farzaneh (2012) "Are snoRNAs and snoRNA host genes new players in cancer?" Nat. Rev. Cancer 12(2):84-8 [PMID: 22257949]
4.Darzacq X. et al. (2002) "Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2’-O-methylation and pseudouridylation guide RNAs." EMBO J. 21(11):2746-56 [PMID: 12032087]
5.Ender C. et al. (2008) "A human snoRNA with microRNA-like functions." Mol. Cell 32(4):519-28 [PMID: 19026782]
6.Nallar S.C. and D.V. Kalvakolanu (2013) "Regulation of snoRNAs in cancer: close encounters with interferon." J. Interferon Cytokine Res. 33(4):189-98 [PMID: 23570385]
7.Mannoor K. et al. (2012) "Small nucleolar RNAs in cancer." Biochim. Biophys. Acta 1826(1):121-8 [PMID: 22498252]
8.Siprashvili Z. et al. (2016) "The noncoding RNAs SNORD50A and SNORD50B bind K-Ras and are recurrently deleted in human cancer." Nat. Genet. 48(1):53-8 [PMID: 26595770]
9.Gee H.E. et al. (2011) "The small-nucleolar RNAs commonly used for microRNA normalisation correlate with tumour pathology and prognosis." Br. J. Cancer 104(7):1168-77 [PMID: 21407217]
10.Mei Y.P. et al. (2012) "Small nucleolar RNA 42 acts as an oncogene in lung tumorigenesis." Oncogene 31(22):2794-804 [PMID: 21986946]
11.Su H. et al. (2014) "Elevated snoRNA biogenesis is essential in breast cancer." Oncogene 33(11):1348-58 [PMID: 23542174]


Other Small RNAs
产品信息
nrStar™ Human snoRNA PCR Array
技术服务
Arraystar snoRNA PCR芯片技术服务
sdRNA测序服务
piRNA芯片技术服务
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