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 LncPath™芯片技术服务

    长链非编码RNA (LncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明:LncRNA广泛参与各种信号通路,LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止,研究得比较透彻的LncRNA还很少,超过99%的LncRNA的功能和调控机制尚不清楚。为了促进LncRNA的研究,Arraystar公司开发了LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片。LncPathTM 芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商,为您提供一站式LncPathTM 芯片技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。

LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片产品列表
 

LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片特色
  对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
  快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
  图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息

  创新性的探针设计

  高效、稳定的标记系统

 可靠的芯片性能

  聚焦于与疾病或信号通路相关的少量LncRNA和mRNA,使得数据分析流程更加快速,精准。

对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
   
LncPathTM芯片通过整合权威数据库,经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源,对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面,可靠的收集,涵盖的LncRNA主要有:1)疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs; 2) 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs; 3) 已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs。

图1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。

快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
   
LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释,能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

图2. 通过LncPathTM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系。

图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
   
LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示,通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系(图3),方便后续的机制和功能研究,这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。

图3. 可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息。

创新性的探针设计
   
LncPathTM芯片采用了创新性的探针设计:针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针,保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针:基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况,它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达,它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响(图4)。

图4. LncRNA探针:转录本特异性探针,可以准确的检测LncRNA;
      基因探针:用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
      转录本特异性探针:用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。

高效、稳定的标记系统
    LncPathTM芯片采用了一种高效,灵活的标记系统(图5)。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本,还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率,灵敏度比常规标记方法高100倍以上。


图5. 高效,灵活的标记系统。

可靠的芯片性能
高灵敏度:能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA (图6)

图6. LncPathTM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值,纵轴表示Spike-in芯片信号(log2转化后)。

高重复性:Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性(R2>0.9)(图7)

图7. LncPathTM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应,并根据芯片信号做出散点图,从图中可以看出:芯片间的相关性非常高(R2>0.9),说明LncPathTM芯片平台重复性很好,非常稳定。

LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片应用思路

康成生物疾病/信号通路特异性LncRNA芯片技术服务流程
1. 样品总RNA抽提
   若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
   若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
   使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
   使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. 加入Spike-in内参
4. cDNA样品合成和标记
5. 标记效率质量检测
   使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6. 芯片杂交
   在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
7. 图像采集和数据分析
   使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8. 提供实验报告
   芯片扫描图
   实验方法中英文报告
   RNA质检报告
芯片数据结果报告,包括差异表达LncRNA列表,差异表达基因列表,差异LncRNA与相应靶基因的详细注释
 
国内客户使用康成Arraystar LncPath™芯片服务发表的SCI成果
→ Aberrantly expressed long noncoding RNAs are involved in sevoflurane-induced developing hippocampal neuronal apoptosis: a microarray related study. Metabolic Brain Disease. 2016. (New)

LncRNA
产品信息
Arraystar公司rtStar™ qPCR配套试剂:LncRNA特异性PCR引物
nrStar Human functional LncRNA PCR Array
Arraystar LncPath™疾病/信号通路特异性LncRNA芯片
Arraystar公司LncRNA芯片
Arraystar公司非编码RNA启动子芯片
Exiqon lncRNA研究配套试剂
Arraystar公司T-UCR芯片
技术服务
nrStar™ Functional LncRNA PCR芯片技术服务
LncRNA芯片技术服务
LncPath™芯片技术服务
T-UCR芯片技术服务
LncRNA实时定量PCR技术服务
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