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 circRNA芯片在肝癌生物标志物研究中的应用

       山东省立医院王传玺副主任医师从事于肺癌、食管癌、直肠癌、鼻咽癌、肝癌等治疗研究工作。近期,其实验室应用Arraystar Human circRNA 芯片研究对比正常癌旁组织发现一种在肝癌组织中高表达的circRNA,hsa_circ_0005075 的表达与肿瘤大小具有相关性。GO分析发现,其在肝癌发展过程中参与细胞的粘附现象。综合本课题的研究结果,确定其可作为一个潜在的肝癌生物标志物。该研究成果于2016年发表在《Medicine》(IF=5.7)杂志上。(芯片实验由康成生物提供技术服务)

研究背景:
       肝癌在世界范围内作为一种肿瘤死亡病例首要的诱因之一,在诊断、治疗和预后等相关过程中一直缺少有效的生物标志物。为了提高肝癌早期诊疗的效果以及提供预后标志物,寻找一种更加有效稳定的生物标志物就显得越发重要。此前的报道表明circRNA可以作为一种新的潜在癌症生物标志物,此外,hsa_circ_0001649可以应用到肝癌的诊断。因此,在肝癌发生过程中,circRNA的作用机制成为癌症研究者竞相研究的热点。

研究思路:
       circRNA与肝癌发展过程有一定的关联性。首先该研究应用Arraystar Human circRNA Array,通过对比肝癌组织和正常癌旁组织,发现61个circRNA差异表达基因,其中26个基因上调表达,35个基因下调表达。综合信号强度和表达差异倍数,筛选确定三个差异表达的circRNA,进行实验验证。
之后利用qRT-PCR在60份匹配的组织样本中进行分析验证仅发现,相对于非癌样本,hsa_circ_0005075在肝癌表现出显著的上调表达特性。通过ROC分析和临床参数关联分析,hsa_circ_0005075可作为潜在的诊断生物标志物。
       随后基于mirSVR算法、TargetScan 和 miRanda数据库构建出circRNA-miRNA-mRNA互作网络。 GO分析揭示了hsa_circ_0005075参与肝癌发展过程中的细胞粘附过程中。

技术路线:

结果展示:
A


B                                                                                C


D


图释:
肝癌和正常组织层次聚类分析图(图A),候选circRNA的qRT-PCR验证(图B),hsa_circ_0005075 的ROC分析(图C),circRNA-miRNA-mRNA互作图(图D)。

研究意义:
       本研究利用芯片对circRNA进行功能研究。circRNA扮演microRNA海绵的功能,参与癌症在疾病诊断中可作为理想的生物标志物。另外,由于肝癌疾病的生物标志物研究甚少,因此,本研究对肝癌组织样本和癌旁正常组织样本进行circRNA芯片分析。对比分析筛选差异表达基因通过后续的qRT-PCR验证鉴定出一个高表达circRNA,后续的临床分析和ROC分析证明其可作为潜在的生物标志物,具有准确性、敏感性和特异性。利用mirSVR算法、TargetScan 和 miRanda构建出circRNA-miRNA-mRNA互作网络,从而进一步阐述其在癌症发展中的调控作用。
       本研究结果为肝癌发展的分子调控机制后续研究奠定了基础。

原文出处:
Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals That hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, Is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development.Medicine, 2016.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4900729/
欢迎索取原文,请联系康成销售工程师,或者免费拨打热线:400-886-5058;800-820-5058


circRNA
产品信息
Arraystar公司环状RNA芯片V2.0
技术服务
circRNA实时定量PCR技术服务
环状RNA芯片技术服务
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