康成生物LOGO   登录 | 注册 | English
 
 
 
 
站内搜索
 
 
  测序服务
 
  芯片服务
 
     
当前位置: 首页 > 技术> 内容  
 Nature Biotechnology:测序技术离不开生物学重复

新一代测序技术被誉为测序技术中的“工业革命”,作为基因组学研究的主要技术手段之一,它有着令人振奋的优点:
 更加灵活,可检测任何物种,不受探针设计限制,能发现新的核酸序列;
 更加灵敏,能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;
 更加精确,数字化信号,单核苷酸分辨率的精度。

Question:新一代测序技术是否需要生物学重复?
Answer:需要。测序技术离不开生物学重复!

在过去的几年中,由于新一代测序技术的优越性以及高成本,导致了部分杂志编辑忽略了 “生物学重复”的重要性。但是,随着测序技术应用的推广和成本降低,杂志编辑对文章的要求也不断提高,严谨的实验设计会越来越受到优秀杂志的青睐。2011年7月发表在《Nature Biotechnology》上的一篇文章为研究者以及杂志审稿人敲响了警钟——测序技术并不能消除生物学差异。和芯片技术一样,测序技术也需要生物学重复!

文章中,研究者将两组转录组测序数据(生物学重复样本数分别为n=60和n=69)和对应的表达谱芯片数据(n=43, n=51)进行比对。结果发现,用测序和芯片技术研究相同的细胞,同一基因在不同生物学重复样本间表达水平的差异(SD值)是相似的(图a和图b)。结果说明,生物学差异是基因表达自身的特性,与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。

同时,研究者用测序技术和芯片分别检测COX4NB和RASGRP1基因。结果发现, 同一实验组内,COX4NB在生物学重复样本中表达差异非常小;但在同样情况下RASGRP1的生物学差异很大(图c)。结果意味着:不同实验组间COX4NB的表达水平的变化存在研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。所以,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。由此可见,生物学重复对于测序实验的设计以及实验数据的解读和分析非常重要。


上图:应用测序和芯片技术研究相同细胞系,比较两种技术的得到的数据的生物学差异。

(a) 基因表达的生物学差异(SD值)散点图。
 X 轴:芯片数据的标准偏差值(样本量n=43)
 Y 轴:测序数据的标准偏差值(样本量n=60)
(b) 另一组数据的生物学差异(SD值)散点图。
 X 轴:芯片数据的标准偏差值(样本量n=51)
 Y 轴:测序数据的标准偏差值(样本量n=69)
(c) COX4NB和RASGRP1基因在生物学重复样本中表达值的散点图。
左边红色:COX4NB基因表达值的散点图
右边蓝色:RASGRP1基因达值的散点图
上面一行:测序数据的散点图
下面一行:芯片数据的散点图

参考文献:Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573.

新闻来源:上海康成生物工程有限公司

康成生物是一家专业提供生命科学前沿研究技术的高科技企业,致力于推广国际尖端分子生物学先进技术在科研中的应用、发展与创新。

康成生物的产品和技术服务涵盖生命科学多个研究领域,包括基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组,为广大科研学者构建了多套技术服务平台:【生物芯片技术平台】microRNA芯片、长链非编码RNA芯片、表达谱芯片、DNA甲基化芯片、ChIP-chip、aCGH、蛋白芯片等;【Illumina GA IIx第二代高通量测序平台】microRNA测序、染色质免疫共沉淀测序、DNA甲基化测序、转录组测序等。

康成生命科学实验中心拥有一流的实验设备、经验丰富的实验技术团队和生物信息学工程师团队,以专业的知识与优质的服务为广大学者提供技术服务、创造科研价值。近五年来,康成生物的产品和服务已覆盖中国科学院、香港大学、清华大学、北京大学医学部及附属医院、中山大学医学院及附属医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学医学院附属中山医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院、Novartis(诺华)、gsk(葛兰素史克)等国内一流科研院所、医疗机构及跨国医药集团,为国内5000多家客户提供技术服务,合作发表的SCI文章约70篇,其中包括国际顶级期刊Nature medicine、Nature genetics、Circulation、Oncogene等,在同行业中处于领先地位!


地址:上海市虹漕路421号63号楼2楼
免费热线:400-886-5058 ; 800-820-5058
电话:021-64451989        
传真:021-64452021
网址:www.kangchen.com.cn

 


Genome/Epigenome
产品信息
DNA甲基化芯片
ChIP-chip
Seq-Star™ DNAClean Beads
Seq-Star™ DNA Size Selection Kit
Seq-Star™ RNAClean and smallEnrich Beads
Seq-Star™ poly(A) mRNA Isolation Kit
Seq-Star™ rRNA Removal Kit
Seq-Star™ Rapid DNA-seq Kit
Seq-Star™ Rapid RNA-seq Kit
Seq-Star™ Small RNA-seq Kit
技术服务
染色质免疫共沉淀测序服务
DNA甲基化测序服务
ChIP-qPCR技术服务
DNA甲基化芯片技术服务
ChIP-chip技术服务
MeDIP-qPCR技术服务
DNA羟甲基化芯片技术服务
DNA羟甲基化测序服务
RRMHS测序服务
相关文献
ChIP-chip技术在基因增强子研究中的最新应用进展
利用aCGH芯片对相关疾病亚型的鉴定及相关基因的后续分析
5羟甲基化的研究背景及与疾病的关系
表观遗传学与疾病
表观遗传调控与肿瘤形成的分子机制
DNA甲基化与癌症研究
DNA甲基化研究技术
陈竺、陈赛娟院士Nature Genetics白血病研究新成果
Nature Biotechnology:测序技术离不开生物学重复
Cell子刊:Arraystar DNA甲基化芯片用于干细胞移植改善骨质疏松表观机制的研究
回到页首
 
  沪ICP备16042410号 ©Copyright 2007 KangChen Bio-tech Inc. All rights reserved.
版权声明  |  关于康成  |  联系我们