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 Arraystar circRNA芯片在胃癌预后标志物研究中的应用

      南方医科大学南方医院普外科李国新主任从事胃肠肿瘤应用分子病理学的研究。近期其实验室用Arraystar CircRNA芯片对6对胃癌组织和癌旁组织进行了筛选,筛选到46个显著差异的circRNA分子。经过与临床指标的相关性分析,作者构建了基于四种环状RNA的临床标本预后评估指标体系,该体系的ROC值可达到0.8,可作为III期胃癌根治术后预后因子。该文章发表在Oncotarget(IF:5.168)杂志上,Qi Xiaolong为共同通讯作者。(芯片实验由康成生物提供技术服务

研究背景:
      胃癌是源自胃黏膜上皮的恶性肿瘤,引发死亡率在恶性肿瘤中排第三位。胃癌III期患者中,30%-50%可以通过放化疗或者接受根治性切除术治愈。但手术14个月以后存在一定比例的胃癌转移和复发现象。CircRNA是一类广泛存在于细胞质中的非编码RNA。这类内源性的RNA具有稳定的结构和很高的组织特异性表达,在喉癌、消化系统等上皮细胞瘤中也有相关报道。本次研究揭示了circRNA在胃癌预后方面的应用。

研究思路:
      为了研究circRNA在III期胃癌中的表达,以及潜在的circRNA预测III期胃癌的早期复发诊断。作者选取了6对配对胃癌组织,通过Arraystar circRNA芯片进行了高通量的筛选。筛选到显著差异的46个circRNA分子。其中hsa_circRNA_101308,hsa_circRNA_400033和 hsa_circRNA_001653三个指标在胃癌组织中显著上调, hsa_circRNA_103781,hsa_circRNA_104423, hsa_circRNA_103999,hsa_ circRNA_104916,hsa_circRNA_100269五个指标在胃癌组织中显著下调。
      随后,对这8个指标进行扩大样本量验证。67个样本中,除了hsa_circRNA_400033没有检测到,其它结果均于芯片相符。其中hsa_circRNA_101308,hsacircRNA_104423,hsa_circRNA_104916和hsa_ circRNA_100269四个指标与胃癌III期患者相关性显著。
      进一步对四个差异显著的circRNA进行X-tile plots分析,检测指标与愈后相关性。建立基于四个分子联合检测的KM曲线及ROC分析,并对额外的52个样本进行验证。构建相关的指示模型。

研究路线:

结果展示:

图一:左图为Arraystar circRNA芯片筛选的差异circRNA聚类图;右图为四个circRNA分子的X-tile plots分析

图二:A为Kaplan Meier生存曲线分析;B为ROC分析

研究意义:
      本研究用Arraystar circRNA芯片对胃癌和癌旁组织进行筛选,探究了circRNA在胃癌手术治疗预后上的Biomarker应用。经过一系列与临床指标的相关性分析,构建了基于hsa_circRNA_101308,hsacircRNA_104423,hsa_circRNA_104916和 hsa_ circRNA_100269联合分析的预测指标,其优化后的ROC达到0.8以上,具有胃癌预后的临床指示作用。

作者简介:
      李国新,男,博士生导师。南方医科大学南方医院普外科主任,创建南方医院第一个专科研究中心微创外科临床中心,是普外科微创专业的学术带头人。主要研究方向:1、微创胃肠外科基础与临床研究;2、胃肠肿瘤应用分子病理学。

论文链接:
Circular RNAs signature predicts the early recurrence of stage III gastric cancer after radical surgery.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5410275/


circRNA
产品信息
Arraystar公司环状RNA芯片V2.0
技术服务
circRNA实时定量PCR技术服务
环状RNA芯片技术服务
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