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 蛋白组学质谱实验样本采集、保存方法

1.适用范围及样品量
 1.1 非标定量实验

类别 实验项目 细胞 组织 血清和血浆
Label-free Quantification Service Label-free >5 ×106 >100mg >500 µl
Lable -free  磷酸化 >2 ×107 >100mg >3ml
Label-free  糖基化 >2 ×107 >100mg -
Label-free  泛素化  >1 ×108 >200mg -

注:“-”表示此服务暂不提供。

 1.2 TMT标记定量实验

类别 实验项目 细胞 组织 血清和血浆
TMT labeling Quantification Service TMT >5 ×106 >100mg >500 µl
TMT  磷酸化 >1 ×107 >100mg >2ml
TMT  糖基化 >1 ×107 >100mg -
TMT 泛素化 >1 ×108 >200mg -

注:“-”表示此服务暂不提供。

 1.3  相互作用蛋白组学

实验项目 细胞 组织
蛋白-蛋白相互作用蛋白组学 >2 ×107 >100mg
LncRNA-蛋白相互作用蛋白组学 >2×108 >300mg
转录因子蛋白组学 >5×107 >200mg

 1.4  绝对定量蛋白质组学

实验项目 细胞 组织 血清和血浆 尿液
PRM 绝对定量 >5 ×106 >100mg >500ul >50ml

 

2.血清和血浆
 2.1 血清
 l 采集血液样本,将其放置于不含抗凝剂的采集管中,室温放置30-60min,待血液凝固,3000rpm离心10min,取上清,液氮速冻,-80℃保存。
 2.2  血浆
 l 采集血液样本,置于含有适量抗凝剂的采集管;
 l 反复颠倒采血管,使抗凝剂与血液充分混匀;
 l 2000-3000rpm离心10min。取上清,-80度保存。
注意: 血液采集后,室温放置1h内进行离心处理,若放置于冰上,需要在4h内进行处理。

3.贴壁细胞
 l 弃掉培养液,并将培养皿倒置于吸水纸上吸干培养液,加入预冷的PBS,平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞,然后弃去PBS。
 l 重复以上操作两次以洗去培养液。
 l 加入胰酶溶液,37℃放置1min,加入两倍胰酶体积的培养基终止胰酶反应,摇动培养皿使细胞混合均匀,然后将所有培养液转移到50ml离心管中, 800×g 4min 收集细胞。
 l 下层细胞加入PBS洗涤,2×107需加入20mlPBS,上下轻轻摇动,重悬细胞,800×g 4min,弃上清,尽量将PBS吸干净,不要残留PBS。
 l 液氮速冻,-80℃保存。
注:用到的PBS均为预冷的

4.悬浮细胞
 l 400-1000×g离心10分钟收获细胞,弃上清。
 l 用预冷的PBS洗涤细胞沉淀,800×g,4min离心,弃上清。
 l 重复洗涤操作一次,收集细胞沉淀。
 l 液氮速冻,-80℃保存。

对于 LncRNA-蛋白相互作用蛋白组学实验,为获得理想结果,建议根据下述方法处理及保存悬浮细胞样品:

 l 800×g 4min 收集细胞。
 l 弃上清,细胞沉淀加入预冷的PBS小心洗涤(2×107 需加入20ml PBS),上下轻轻摇动,重悬细胞。离心800×g 4min ,弃上清。
 l 尽量将PBS去干净,不要残留PBS。
 l 液氮速冻,-80℃保存。

5.动物组织
 l PBS洗涤去除残留血液和污染物,迅速剥去脂肪和筋皮等结缔组织,冲洗干净。
 l 用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3左右的小块。
 l 液氮速冻,-80℃保存。

6.lncRNA-蛋白相互作用蛋白组学实验样品交联方法
注:客户可以不做交联将样品妥善收集和保存后邮寄至我司,由我司进行交联。如果客户想要自己进行交联,请参考如下方法:

 l 准备3%的甲醛,用室温PBS来配置。
 l 一般情况下每108的细胞需要30ml的3%的甲醛溶液。
 l 将准备好的溶液加入到收集的细胞中,开始的时候加入小体积的溶液重悬细胞,待细胞完全重悬后,补足所需体积的溶液,室温旋转10min。
 l 加入0.125M的甘氨酸终止反应,5min。
 l 离心2000×g ,5min,弃上清,加入20ml预冷的PBS洗涤细胞,2000×g,5min。
 l 弃上清,每2×107交联的细胞,用1ml预冷的PBS重悬,将1ml的重悬的细胞转移到1.5ml 离心管中,2000×g ,4℃,3min。尽量将PBS去干净。
 l 液氮速冻,-80℃保存。
 


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